La Ley de Derechos y Cultura Indígena aprobada por el Parlamento el pasado 28 de abril, reconoce constitucionalmente a las etnias del país. Sin embargo, la ley definitivamente aprobada, con las modificaciones que introdujo el Senado al proyecto elaborado por la Comisión de Concordia y Pacificación (COCOPA), no respondió a las demandas planteadas por el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN). El obispo de San Cristóbal de las Casas, Felipe Arizmendi, reconoció que la reforma es "limitada y mejorable", pero advirtió a los zapatistas que "es legítimo impulsar nuevos avances, aunque siempre por medios pacíficos".

La Conferencia Episcopal había tomado posición sobre la marcha zapatista con un comunicado juzgado por los observadores como una obra maestra de equilibrismo. A la vez que defendían los derechos de los indígenas e invitaban a los legisladores a escuchar a los zapatistas, también le pedían a éstos aceptar la ley así como saliera del Parlamento, y a la población "analizar las palabras de los zapatistas, discerniendo las ideologías subyacentes y asumiendo las causas justas". La prudencia del texto reflejaba la disparidad de opiniones por parte de los obispos...
Felipe Arizmendi, obispo de San Cristóbal de las Casas, declaraba mirar "con esperanza" la marcha zapatista pero el obispo José Melgoza Osorio recomendó "no rendir homenaje a presuntos héroes que se adiestran para matar". Por su parte, Raúl Vera López, ex coadjutor de Samuel Ruiz, subrayó que "los zapatistas no luchan por el privilegio de un grupo, sino por los diez millones de indígenas del país"...
Sin embargo, el obispo Genaro Alamilla intervino muy duramente afirmando que "no todos los movimientos de masas son aceptables... Los secuaces de Marcos son ignorantes, desinformados e ingenuos", afirmó.
Los zapatistas, hablando en el Parlamento frente a 200 diputados y senadores (de un total de 628), habían reafirmado una vez más que cuando exigen la autonomía de los pueblos indígenas no buscan "balcanizar el país, ni independizarse de México". Una vez que fueron escuchados en el Parlamento, los zapatistas habían reiniciado el diálogo con el gobierno (después de casi cinco años de suspensión) pero una vez más la ley que resultó aprobada fue muy recortada respecto a la propuesta inicial y los zapatistas resolvieron una nueva interrupción del diálogo. En un comunicado posterior a la aprobación de la ley, el EZLN señaló que la reforma aprobada obliga a que "la guerra no termine, que los militares continúen con sus negocios sucios en Chiapas, que los zapatistas se mantengan en la clandestinidad y que los indígenas sigan siendo objeto de limosna y desprecio".
Mientras el presidente Vicente Fox se congratuló por la aprobación de la ley en el Parlamento, subrayando que es un punto de partida para reconquistar la paz en Chiapas, el presidente de la COCOPA, Félix Castellanos, afirmó que la reforma no contempla las necesidades ni está a la altura de las peticiones indígenas y no corresponde al planteamiento hecho por la COCOPA y que en la realidad será un obstáculo para que se reinicie el diálogo de pacificación.
El obispo Arizmendi, por su parte, reconoció que la reforma constitucional es "limitada y mejorable y que es legítimo impulsar nuevos avances, aunque siempre por medios pacíficos y nunca más por la vía militar". El obispo puso de manifiesto su confianza en que tanto el Congreso como el Senado "realicen las concreciones debidas y se atienda de manera adecuada lo que falta en temas como autonomía, participación política, disfrute de la tierra y justicia".