A la llegada de Vera había que organizar el vicariato de manera que pronto pudiera verificarse la creación de la Diócesis de Uruguay. Su testimonio como celoso misionero recorriendo una y mil veces la campaña en dilatadas jornadas de misión y el énfasis puesto en la cabal formación de los presbíteros y en los retiros anuales permitirán fortalecer sustancialmente la imagen del clero nacional.

Sintiendo hondamente las necesidades del pueblo y experimen-tándose más apóstol que gobernante a poco de asumir como Vicario dio comienzo a una extensa recorrida que le llevaría nueves meses de acción misionera en pueblos de campaña.

Tres esforzados sacerdotes, Yéregui, Letamendi y De León acompañaron a Vera compartiendo fatigas y alegrías. El 25 de abril de 1860 salía la comitiva rumbo a Durazno donde permaneció hasta el 9 de mayo. Luego fue Porongos, Florida, San José, Colonia, Carmelo, Nueva Palmira, Dolores y Soriano.

Los frutos fueron más que satisfactorios. El pueblo de toda condición social, concurrió numerosísimo a los actos de la misión sediento de una atención espiritual de la que no gozaba desde 1804. Los sacerdotes cumplían agotadoras jornadas que por momentos comenzaban a las cinco de la mañana, se interrumpían para almorzar y concluían a las once de la noche. Después de varios meses de ausencia de Montevideo, los padres Victoriano Conde y Francisco Castelló que habían quedado al frente del Vicariato reclamaban insistentemente el regreso siquiera temporal de Vera por asuntos graves que exigían su presencia.

Sin embargo, Vera, para quien suspender la misión equivalía a perder sus frutos, apenas respondía a los variados asuntos sobre los que se lo consultaba y, rendido por las confesiones y cayéndose de sueño, apenas tomaba la pluma para escribir rogándole a sus vicarios que dejaran en paz a ese pobre "rengo".

Finalmente el 15 de enero de 1861 regresaron el Vicario y sus colaboradores a Montevideo siendo recibidos como auténticos héroes y cerrando la magnífica gesta con un fervoroso Te Deum en la Matriz. Los resultados superaban los cálculos más optimistas... Habían recibido el sacramento de la confirmación más de 23.000 personas, se habían regularizado más de 700 matrimonios, se había atendido una cifra incalculable en el confesionario. Calculando la población de los departamentos visitados en algo más de 60.000 personas, se estimaba que la mitad al menos, había participado en los actos de la misión.

Pero si generoso fue su esfuerzo en llevar la acción evangelizadora a los lugares más recónditos de la campaña, con no menos entereza supo defender la dignidad de la Iglesia prefiriendo el exilio a ocasionales componendas. Estuvo junto al pueblo en los momentos difíciles: fue consuelo de los enfermos en tiempos de epidemias; supo empobrecerse para enriquecer a los pobres con sus limosnas; fue mediador en tiempos de revolución y presencia reconfortante junto a los heridos; fomentó la implantación de congregaciones religiosas dedicadas a la educación de la niñez y la juventud, favoreció el crecimiento del laicado asociado en múltiples organizaciones creadas bajo su aliento de pastor; cuidó del esplendor del culto, la conservación y reparación de los templos. Mantuvo siempre los hábitos de frugalidad, sencillez de vida y amor al trabajo apostólico pasando largas horas en el confesionario. Bastaba verlo para amarlo, como dirá uno de sus biógrafos. Murió mientras misionaba en Pan de Azúcar, llorado por su grey y respetado por todos.

Célebres son las emotivas palabras con que Zorrilla de San Martín entonó la póstuma despedida:

"¡ Padre!, maestro, amigo, providencia, ¿dónde estás?

Señores, hermanos, pueblo uruguayo: ¡el santo ha muerto! .....

Nació predestinado a hacer la felicidad del pueblo uruguayo, y ha cumplido la voluntad de Dios. Fue verdad, fue abnegación, fue consuelo, fue paz, fue ejemplo. Él pobló de palabras acompañantes la soledad del lecho de muerte de nuestros padres, de nuestros hermanos, de nuestros amigos. ¿Recordáis su sonrisa? Ella sola ahuyentaba los rencores, conciliaba las familias, desarmaba a los enemigos. Hablaba con los hombres con la misma ingenua ternura que empleaba para bendecir a los niños. Y los hombres se sentían niños cuando estaban con él. Su sola presencia era una resignación difundida; su voz curaba y alentaba: su plegaria fecundaba como un riego, como una lluvia lenta que cae sobre el campo mientras dormimos.

Amigo, santo amigo: te besamos en la frente con un beso húmedo en lágrimas que corren. Ayúdanos a seguir el ejemplo de tu vida, como hemos seguido, oprimidos y llorosos, el camino de tus despojos....

¡Duerme en paz!