En realidad, la Iglesia ha sido también víctima de la violencia de estado; no hay que olvidar las figuras de los obispos Angelelli y Ponce de León, ambos asesinados, de valientes pastores tildados de subversivos, de una cantidad de sacerdotes, religiosos y laicos asesinados, presos, secuestrados, prófugos que conforman una larga lista. El pasado 7 de agosto la Legislatura de Buenos Aires declaró por ley "sitio histórico" a la parroquia de la Santa Cruz por haber sido refugio de exilados políticos, de cuantos luchaban por la libertad y la justicia, de las Madres de Plaza de Mayo (allí descansan los restos de la fundadora Azucena Villaflor y otras compañeras y de la hna. Leonie Duquet).

La condena a Von Wernich ha reforzado por otra parte la polémica, iniciada con el caso Baseotto, sobre los capellanes militares, ya que Von Wernich era un capellán policial dependiente del ejército en aquel momento y difícilmente su actuación era desconocida por sus colegas. En una carta abierta, el p. Ruben Capitanio pidió "la disolución del Obispado Castrense y en consecuencia la anulación de toda capellanía de cualquier fuerza de seguridad". Para la atención pastoral de los militares, el sacerdote pide que éstos "puedan concurrir a sus comunidades parroquiales y que el sacerdote desempeñe su servicio en forma libre y gratuita". Capitanio pide "poner fin a este tipo de estructuras de poder religioso apareado con el poder militar", como una forma de responder al llamado de Aparecida que habló de un modelo pastoral agotado. De hecho, hay actualmente en el Senado un proyecto para disolver el Concordato sobre el Obispado Castrense en Argentina.

En un documento de la Conferencia Episcopal Argentina al concluir su última Asamblea Plenaria se afirma: "La droga y su comercio de muerte se han instalado entre nosotros; entró para quedarse en la escuela, en el club, en la esquina, en los boliches y recitales, en la cancha, en las cárceles y hasta en los lugares de trabajo... El narco-negocio prospera exitosamente, destruye familias, mata a la juventud y a los mismos niños. Nuestro país ha dejado de ser sólo un país de paso". Sigue diciendo el documento: "La drogadicción no es sólo un problema de ‘sustancias’ sino más bien de cultura, valores, conducta y opciones, de vacío existencial y falta de sentido... Nos falta la voluntad y el coraje necesarios para encarar seriamente este problema". El documento pide un acción mancomunada de toda la sociedad para que a corto plazo se transforme en una verdadera política de Estado que contemple la promoción de una cultura de la vida, la prevención, la denuncia y el castigo a los mercaderes de la muerte.