La reforma de la Iglesia ya venía exigiéndose desde tiempo atrás, y entre sus causas principales, encontramos:

El monje agustino Martín Lutero, en un inicio se movió por una actitud verdaderamente religiosa, porque quería una iglesia más pura y acorde al evangelio. Pero con el paso del tiempo se volvió intransigente: cuando el príncipe Alberto compró a León X el arzobispado de Maguncia, el mismo Papa le concedió publicar una indulgencia para recabar dinero destinado a la construcción de su catedral y de la basílica de san Pedro en Roma. Indignado, Lutero publicó 95 proposiciones acerca de la doctrina de las indulgencias (1517), porque el cristiano no puede comprar la gracia de Dios. Sus tesis tuvieron un enorme éxito a través de Alemania y de toda Europa.

Durante tres años, los miembros de su orden y algunos enviados de Roma intentaron persuadirlo para que corrigiera sus afirmaciones. Pero la disputa despertó el nacionalismo alemán. Entonces Lutero comenzó a criticar duramente al Papa y a la autoridad eclesiástica.

En junio de 1520, el Papa condenaba 41 proposiciones de Lutero. Tenía dos meses para obedecer y enmendarse, pero Lutero quemó solemnemente la bula del Papa. En enero de 1521 fue excomulgado.

Estos son los puntos doctrinales de Lutero:

- La Reforma Católica fue un movimiento constructivo, vital y positivo. Para esta reforma, se convocó el Concilio de Trento (1545-1563). Su objetivo fue mantener la unidad de la Iglesia, reanimar la santidad en el clero y el pueblo. Sus decretos empezaron a practicarse por toda la cristiandad. El concilio además de abocarse a la reforma de las costumbres, se centró sobre todo en aclarar la doctrina católica, negada por Lutero.

- En la primera etapa del concilio (1545-1547), siendo papa Paulo III, se reconoció el valor de la tradición apostólica, y de la Biblia como fuente de fe; se definió el canon (lista) de los libros inspirados; se publicaron los decretos dogmáticos sobre el pecado original y sobre la justificación; se examinó y se definió la doctrina sobre los sacramentos en general y del bautismo y de la confirmación en particular, y se dio una serie de decretos de reforma respecto a la predicación, y a la obligación de residencia de los clérigos.

- En la segunda etapa (1551-1552), siendo papa Julio III, prosiguieron los decretos relativos a la eucaristía, a la penitencia, además de los concernientes al ejercicio de la autoridad episcopal, las costumbres del clero y la reglamentación de los beneficios eclesiásticos.

- En la tercera etapa (1561-1563), siendo papa Pío IV, se promulgaron los decretos sobre el carácter sacrificial de la misa; sobre los sacramentos del orden y del matrimonio; sobre el purgatorio, la veneración de los santos, de las imágenes y reliquias. Simultáneamente se dieron cuarenta y dos artículos, que pueden ser considerados como la esencia de la reforma tridentina, concernientes a los más importantes sectores de la vida eclesiástica: acerca de la residencia de los obispos, la administración de sacramentos, la disciplina del clero, la formación eclesiástica, etc..

- Declaró que las fuentes de la revelación son las Escrituras y la tradición de la Iglesia. De esta manera la Iglesia contestaba la doctrina de Lutero que todo lo cifraba en las Escrituras.

- Fijó los libros de la Biblia o canon: son 73 libros; 46 del Antiguo Testamento y 27 del Nuevo Testamento. Los protestantes aceptan 39 libros del Antiguo Testamento (no aceptan Tobías, Judit, Sabiduría, Eclesiastés, Baruc, 1 y 2 de Macabeos).

- Explicó la doctrina del pecado original, la gracia y los sacramentos, que en pocas palabras se resume así: el hombre nace herido con el pecado original, pero no corrompido. Dicho pecado se borra totalmente con el bautismo, aunque queda una tendencia o inclinación al pecado. Con la gracia del bautismo y de los sacramentos podemos hacer obras buenas. Así daba contestación al protestantismo que decía que el hombre estaba totalmente corrompido.

- Reafirmó la existencia de los siete sacramentos.

- Afirmó que sólo la fe en Jesucristo salva, pero que las obras buenas son necesarias.

- Volvió a enseñar, conforme a la tradición, el valor de los santos, el celibato, la vida religiosa, la existencia del purgatorio. Para ganar las indulgencias se necesita, además de la obra de caridad, tener un corazón contrito, que rechaza el pecado.

- Publicó el Catecismo Romano, destinado a los párrocos, para ayudarlos en su predicación a los adultos y en la enseñanza del catecismo a los niños.

Grandes hombres de Iglesia dieron un impulso a la Reforma Católica: en Milán, Carlos Borromeo representa el modelo de obispo según el Concilio de Trento: llevó una vida austera, reunió sínodos diocesanos, fundó colegios y seminarios; afirmó la ortodoxia y devolvió al pueblo la confianza en sus pastores. Desde Trento, el obispo y el párroco deberán vivir con el pueblo.

Ángela de Merici funda las Ursulinas en 1537, dedicadas a obras de educación. Quería salvar a la sociedad, formando a las madres de familia y a los educadores. Felipe Neri, en 1563 fundó el oratorio, con laicos y sacerdotes que se dedicaban a rezar, cantar, comentar la Biblia, estudiar la historia de la Iglesia y al servicio de los enfermos y peregrinos.

- La Orden de clérigos regulares, llamada Compañía de Jesús, fue fundada por Ignacio de Loyola y aprobada por el papa Paulo III en 1540. Su fin: ser un ejército a las órdenes del Papa para la defensa y la explicación de la doctrina católica, mediante un cuarto voto de obediencia rigurosa al Papa. La Compañía de Jesús fue de los primeros baluartes de la restauración católica europea, de las misiones y de la enseñanza cristiana en la sociedad. Los jesuitas fundaron gimnasios, colegios, seminarios y escuelas superiores.

- Los grandes místicos. Mientras en el resto de Europa se originaban movimientos de rebeldía contra la Iglesia, en España se da un florecimiento de autores espirituales, que tiene en los franciscanos su primera representación. Pero donde la mística y la ascética españolas alcanzan su punto culminante es en las obras de los dos grandes santos y escritores carmelitas.

Teresa de Jesús se decide a llevar a cabo la reforma de su orden y, superando grandes dificultades, en marzo de 1563, establece el convento de San José, en Ávila. Sus libros, entre ellos Castillo interior o Las Moradas, pertenecen al tesoro más apreciado de la mística del mundo cristiano.

Lo mismo hace el carmelita Juan de la Cruz en sus conocidas obras Subida al Monte Carmelo, Noche oscura del alma, Cántico espiritual…, en las que, con una sana y profunda teología y con gran belleza literaria, describe el proceso interior del alma hasta llegar a los grados más elevados de perfección.

- Fuera de España, el exponente más significativo de esta literatura espiritual es Francisco de Sales, el "doctor amable". Sus tratados de la Introducción a la vida devota o Filotea, el del Amor divino y sus Conversaciones espirituales, pasan por modelos de la ciencia del espíritu, que llenan de dulzura la virtud y la ascética cristianas.