Con respecto a las relaciones entre Estado e Iglesia, pocas semanas antes de la vista del card. Bertone, el arzobispo Jaime Ortega declaró que "estaban mejorando lentamente", citando como ejemplos las cada vez más numerosas procesiones autorizadas, el aumento de los permisos para el ingreso de misioneros extranjeros, la restauración de iglesias, la atención espiritual de los presos (aún políticos), el respaldo a la obra de Cáritas... Desde hace tiempo en Cuba se reformó la Constitución retirando el ateísmo oficial, y adoptando implícitamente la conformación de un Estado laico. Con el Vaticano nunca hubo una ruptura diplomática y el Papa siempre ha tenido la libertad de elegir a los obispos. Con la visita de Juan Pablo II, las relaciones entre Estado e Iglesia mejoraron sensiblemente, y también el actual Papa ha sido invitado a visitar la isla. En 1990 los católicos eran el 41%; en 2007 ya eran el 60%; en 1981 se celebraban 6.000 bautismos, ahora se celebran 25 mil; en el 80 había 20 seminaristas, ahora son 600.

La Iglesia ha adoptado la vía del diálogo y no de la presión; esta línea se nota en los últimos nombramientos de obispos, donde se han sustituido a obispos más críticos y polémicos por otros más dialogantes. El card. Bertone, que en Santa Clara inauguró una estatua a Juan Pablo II, siguió el mismo camino. En la plaza de la catedral de La Habana, con la presencia de representantes del gobierno, de las Damas de Blanco y de miles de fieles, pidió mas espacios públicos para la misión de la Iglesia. Como balance de su viaje, el cardenal aseguró que las autoridades le han prometido mayor apertura en cuanto a la prensa, a la radio y a la televisión. Bertone no pidió directamente una amnistía para los presos porque hubiera parecido una interferencia y tampoco pidió escuelas católicas, pero pidió la liberación de los presos como acto humanitario y un mayor espacio en la formación y educación de los jóvenes. El card. Bertone condenó además el embargo de Estados Unidos como "éticamente inaceptable" y también "muchas restricciones que mantiene todavía la Unión Europea. Estas medidas tan duras no ayudan a que en el país se vaya hacia una mayor libertad y respeto de los derechos humanos ni favorecen el desarrollo; sólo hacen sufrir a la población". Aseguró que él mismo solicitó al gobierno de Estados Unidos que terminara con su política discriminatoria y permitiera el reencuentro de las familias cubanas.

Bertone reconoció los notables progresos logrados en los últimos años por el país en la solidaridad con otros países pobres del mundo, en el campo de la salud y de la educación y aseguró la convergencia de la Iglesia en muchos puntos de la agenda internacional. Pero a la vez pidió el respeto a la plena libertad religiosa y demás libertades.

En definitiva, según el card. Bertone, "se dan perspectivas para una mayor confianza en la acción de la Iglesia y la posibilidad de apertura de nuevos espacios de presencia".